Az Arise volt az utolsó tisztán csak metal hatású lemez a Sepultura történetében. Az 1993-as Chaos A.D. albumtól kezdve folyamatosan kísérleteztek újabb hatások érvényesítésével. A Chaos A.D. anyagon ilyen volt a hardcore megjelenése. Az olyan hc/thrash ostorcsapások, mint a Refuse/Resist, a Slave New World, vagy a Biotech Is Godzilla egyértelműen jelzik, hogy a Sepultura új utakra lépett. A Clenched Fist nótába industrial hatások szivárogtak be. Az akusztikus gitárra és dobokra hangszerelt Kaiowas dalban dél-amerikai törzsi motívumok ütik fel fejüket. Ráadásnak pedig a New Model Army egyik punkosan egyszerű nótáját (The Hunt) is feljátszották a lemezre. A korábbi "sátán-halál-vér" klisék eltűntek a szövegekből, és inkább politikai és szociális kérdéseket feszegetnek a dalok. Az első kislemez, a Territory klipjét a dal témájával tökéletes összhangban lévő helyszínen, Izraelben forgatták. A lemezmegjelenést követően a Sepultura egy éven keresztül turnézott szerte a nagyvilágban. A koncertsorozat csúcspontját a doningtoni Monsters Of Rock fellépés jelentette.

1994-ben Max Cavalera összehozott egy Nailbomb nevű projektet a Fudge Tunnel-es Alex Newport-tal, amiben industrial hatásokkal kevert hardcore/metal-t játszottak. A projekt egyetlen (jórészt dobgéppel rögzített) stúdiólemezén, a Point Blank-en, Andreas Kisser és Igor Cavalera is vendégszerepel a Sepuból és Dino Cazares az akkori Fear Factory-ból.

1995-ben a Chaos A.D. turné fáradalmait pihente ki a Sepultura. Ekkor jelent meg második videójuk, a koncert és promo klipekből, zenekari interjúkból álló Third World Chaos. Andreas Kisser megint Jason Newsteddel (akkor Metallica) múlatta az időt, ugyanúgy, mint három évvel korábban. A Sepultallica most kiegészült az Exodusból Tom Hunting dobossal és így jött létre az alkalmi Sexoturica társulat, mely egy split EP-t is kiadott a Newsted-Hunting-Devin Townsend felállású IR8 projekttel közösen.

1996-ban jelent meg a Roots, a Sepultura hatodik albuma. Ezen a lemezen minden korábbinál nagyobb teret engednek a brazil zenei gyökerek érvényesülésének. Sok dalban autentikus dél-amerikai népi hangszerek szólalnak meg, felbukkan a lemezen Carlinhos Brown brazil ritmus-király, sőt a Kaiowas folytatásában, az Itsári-ban egy komplett indián törzs is szerephez jut. A nóták minden eddiginél groove-központúbbak, bár az előző lemezre utaló rövid hardcore mozzanatok sem hiányoznak. A mélyre hangolt gitárok a rossz nyelvek szerint a Korn hangzásának koppintása. A Lookaway nótában maga Jonathan Davis is szerepel, Mike Patton és DJ Lethal társaságában. A lemezhez kapcsolódva megjelenik egy We Are What We Are című rövid videóanyag is három friss klippel (Roots Bloody Roots, Ratamahatta, Attitude), interjúrészletekkel.

A megalakulás óta eltelt 13 évben messzire jutott zeneileg a Sepultura. A banda az egyik leginnovatívabb zenekarrá nőtte ki magát a '90-es évek derekára. Hol van már a Beneath The Remains szikár thrash metalja, vagy a Morbid Visions véres death metalja?! A Sepultura megkerülhetetlenné vált, de ezzel együtt most már volt veszíteni valójuk is.